Mối quan hệ di truyền của 2 chủng TILV phân lập từ các vùng khác nhau ở VN với các chủng TILV trên TG.
- Thứ ba - 13/12/2022 08:18
- In ra
- Đóng cửa sổ này
Nghiên cứu gần đây của Trung tâm Công nghệ Sinh học Thành phố Hồ Chí Minh (TTCNSH TPHCM) đã phân tích mối quan hệ di truyền của 2 chủng TILV phân lập từ các vùng khác nhau ở VN (miền Bắc và miền Nam) với 21 chủng TILV trên TG, đồng thời đặt giả thiết về nguồn gốc của 2 chủng TILV phân lập ở VN.
TiLV là virus có vỏ bọc, mang RNA sợi âm với 10 đoạn trình tự trong bộ gen (10.323 kb) với kích thước khoảng 55-100 nm. TiLV được xem là mối đe dọa cho ngành nuôi cá rô phi ở 16 quốc gia trên 4 châu lục với khả năng gây chết lên tới 90% (Ấn Độ, Malaysia, Bangladesh, Ecuador, Columbia, Mexico,…). Từ 2014-2021 đã có rất nhiều nghiên cứu về giải mã bộ gen TILV để giúp hiểu rõ hơn cách mà virus này được lan truyền từ quốc gia này sang quốc gia khác.
Cá rô phi được coi là một trong những mặt hàng xuất khẩu chủ lực của VN. Cá rô phi giống ở VN chủ yếu được nhập về từ các quốc gia đã từng báo cáo có sự xuất hiện của TILV hoặc có nguy cơ cao bị nhiễm virus này (Thái Lan, Đài Loan, Israel,…). Năm 2017,sau khi kiểm tra 257 mẫu cá rô phi được phân lập từ 15 vùng khác nhau trên VN, người ta xác định được 26,43% số mẫu cá có sự hiện diện của TILV. Tuy nhiên, thiệt hại do TILV gây ra ở các trang trại cá rô phi ở VN chỉ nằm ở mức 10-30%.
Hai mẫu virus TILV, ký hiệu lần lượt là RIA2-VN-2019 và HB196-VN-2020 được phân lập từ mẫu gan và lách của cá nhiễm bệnh. Mẫu RIA2-VN-2019 được phân lập ở miền nam VN (Viện Nghiên cứu Nuôi trồng Thủy sản 2 cung cấp). Mẫu HB196-VN-2020 được phân lập ở miền bắc VN (Đại học Nông lâm cung cấp). Sự hiện diện của TILV trong các mẫu gan, lách cá nhiễm bệnh được kiểm tra lại ở TTCNSH TPHCM bằng phương pháp semi-nester RT-PCR. Mẫu mRNA TILV dùng làm chứng dương được cung cấp bởi đại học Công nghệ Châu Á (Bangkok, Thái Lan).
mRNA tách từ mô cá nhiễm bệnh được chạy phản ứng chuyển đổi sang cDNA, sau đó cDNA được đem giải trình tự và so sánh với trình tự gen các chủng TILV đã từng được giải trước đó trên TG (21 chủng đến từ Israel, Ecuador, Peru, USA, Bangladesh và Thái Lan). Trong thí nghiệm ở TTCNSH TPHCM, nhóm nghiên cứu đã giải 10 đoạn trình tự của TILV, mồi để giải trình tự được thiết kế dựa trên trình tự của chủng TILV Israel Til-4-2011 (KU751814-KU751823). 2 chủng TILV VN sau khi giải trình tự, được tải lên NCBI genbank với số hiệu lần lượt là ON376572-ON376581 cho RIA2-VN-2019 và ON376582-ON376591 cho HB196-VN-2020.
Qua so sánh và vẽ cây phân loài (7 cây phân loài cho 10 đoạn trình tự), nhóm nghiên cứu thấy rằng chủng RIA2-VN-2019 có độ tương đồng từ 92,2%-93,5% tùy vào từng đoạn trình tự so với 21 chủng trên TG. Với chủng HB196-VN-2020, độ tương đồng so với các chủng còn lại là 94,8%-96,2%. Trong số 10 đoạn trình tự, các chủng TILV VN cho thấy độ biến đổi trình tự nucleotide cao ở đoạn trình tự số 6 (88,7%-95% độ tương đồng) và độ bảo tồn trình tự nucleotide cao ở đoạn trình tự số 9 (94,6%-99% độ tương đồng). Đặc biệt, chủng RIA2-VN-2019 cho thấy sự xa cách về trình tự gen với tất cả các chủng còn lại, độ tương đồng cao nhất là với chủng TILV Israel. Trong khi HB196-VN-2020 cho thấy mối quan hệ gần với các chủng TILV Thái Lan và USA. Nhóm nghiên cứu đặt giả thiết sự khác biệt giữa 2 chủng TILV VN là do nguồn gốc của chúng đến từ các nguồn cá giống nhập từ các quốc gia khác nhau.
Tuy nhiên, thông tin về bệnh TILV và các bộ gen của chủng TILV ở VN hiện vẫn còn quá ít, chúng ta cần nhiều dữ liệu hơn để truy về nguồn gốc của 2 chủng này.
TiLV là virus có vỏ bọc, mang RNA sợi âm với 10 đoạn trình tự trong bộ gen (10.323 kb) với kích thước khoảng 55-100 nm. TiLV được xem là mối đe dọa cho ngành nuôi cá rô phi ở 16 quốc gia trên 4 châu lục với khả năng gây chết lên tới 90% (Ấn Độ, Malaysia, Bangladesh, Ecuador, Columbia, Mexico,…). Từ 2014-2021 đã có rất nhiều nghiên cứu về giải mã bộ gen TILV để giúp hiểu rõ hơn cách mà virus này được lan truyền từ quốc gia này sang quốc gia khác.
Cá rô phi được coi là một trong những mặt hàng xuất khẩu chủ lực của VN. Cá rô phi giống ở VN chủ yếu được nhập về từ các quốc gia đã từng báo cáo có sự xuất hiện của TILV hoặc có nguy cơ cao bị nhiễm virus này (Thái Lan, Đài Loan, Israel,…). Năm 2017,sau khi kiểm tra 257 mẫu cá rô phi được phân lập từ 15 vùng khác nhau trên VN, người ta xác định được 26,43% số mẫu cá có sự hiện diện của TILV. Tuy nhiên, thiệt hại do TILV gây ra ở các trang trại cá rô phi ở VN chỉ nằm ở mức 10-30%.
Hai mẫu virus TILV, ký hiệu lần lượt là RIA2-VN-2019 và HB196-VN-2020 được phân lập từ mẫu gan và lách của cá nhiễm bệnh. Mẫu RIA2-VN-2019 được phân lập ở miền nam VN (Viện Nghiên cứu Nuôi trồng Thủy sản 2 cung cấp). Mẫu HB196-VN-2020 được phân lập ở miền bắc VN (Đại học Nông lâm cung cấp). Sự hiện diện của TILV trong các mẫu gan, lách cá nhiễm bệnh được kiểm tra lại ở TTCNSH TPHCM bằng phương pháp semi-nester RT-PCR. Mẫu mRNA TILV dùng làm chứng dương được cung cấp bởi đại học Công nghệ Châu Á (Bangkok, Thái Lan).
mRNA tách từ mô cá nhiễm bệnh được chạy phản ứng chuyển đổi sang cDNA, sau đó cDNA được đem giải trình tự và so sánh với trình tự gen các chủng TILV đã từng được giải trước đó trên TG (21 chủng đến từ Israel, Ecuador, Peru, USA, Bangladesh và Thái Lan). Trong thí nghiệm ở TTCNSH TPHCM, nhóm nghiên cứu đã giải 10 đoạn trình tự của TILV, mồi để giải trình tự được thiết kế dựa trên trình tự của chủng TILV Israel Til-4-2011 (KU751814-KU751823). 2 chủng TILV VN sau khi giải trình tự, được tải lên NCBI genbank với số hiệu lần lượt là ON376572-ON376581 cho RIA2-VN-2019 và ON376582-ON376591 cho HB196-VN-2020.
Qua so sánh và vẽ cây phân loài (7 cây phân loài cho 10 đoạn trình tự), nhóm nghiên cứu thấy rằng chủng RIA2-VN-2019 có độ tương đồng từ 92,2%-93,5% tùy vào từng đoạn trình tự so với 21 chủng trên TG. Với chủng HB196-VN-2020, độ tương đồng so với các chủng còn lại là 94,8%-96,2%. Trong số 10 đoạn trình tự, các chủng TILV VN cho thấy độ biến đổi trình tự nucleotide cao ở đoạn trình tự số 6 (88,7%-95% độ tương đồng) và độ bảo tồn trình tự nucleotide cao ở đoạn trình tự số 9 (94,6%-99% độ tương đồng). Đặc biệt, chủng RIA2-VN-2019 cho thấy sự xa cách về trình tự gen với tất cả các chủng còn lại, độ tương đồng cao nhất là với chủng TILV Israel. Trong khi HB196-VN-2020 cho thấy mối quan hệ gần với các chủng TILV Thái Lan và USA. Nhóm nghiên cứu đặt giả thiết sự khác biệt giữa 2 chủng TILV VN là do nguồn gốc của chúng đến từ các nguồn cá giống nhập từ các quốc gia khác nhau.
Tuy nhiên, thông tin về bệnh TILV và các bộ gen của chủng TILV ở VN hiện vẫn còn quá ít, chúng ta cần nhiều dữ liệu hơn để truy về nguồn gốc của 2 chủng này.